次氯酸发生器和次氯酸钠发生器，虽然这两种化学药剂杀菌原理都一样，但是他们在相同体积和相同浓度下的杀菌效果相差却非常之大，如果用数字来表示次氯酸的灭菌效果是次氯酸钠的80~150倍。

为什么有如此大的差距？我们来分析一下：

首先次氯酸灭菌的原理是：　　次氯酸在水中分解形成新生态氧[O]，HClO → HCl + [O] ，新生态氧的很强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性，从而致死病源微生物。次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可渗透入菌（病毒）体内，与菌（病毒）体蛋白、核酸、和酶等有机高分子发生氧化反应，从而杀死病原微生物。    R-NH-R + HClO → R2NCl + H2O     同时，次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，使其细胞丧失活性而死亡。

从上面的灭菌原理可以看出其实参与灭菌的有效成分是次氯酸分子HClO，而不是氯离子CL，也不是次氯酸根离子CLO-。

次氯酸钠水解后能够成为次氯酸分子的只有百分之一，而剩余百分之九十九都是以氯离子CL-,次氯酸根离子CLO-和次氯酸盐的形式存在。而次氯酸发生器产生的消毒液成分百分之九十九都是次氯酸。所以在次氯酸的灭菌效果要比次氯酸钠高出80~150倍就不奇怪了。